影片承接《沙丘 1》剧情，保罗・厄崔迪家族遭帕迪沙皇帝与哈克南家族联手覆灭后，他与母亲杰西卡流亡至厄拉科斯星球，被弗雷曼人救下。保罗融入弗雷曼部落，与女战士契妮相爱，成为沙虫骑士并被预言裹挟为 “天选救世主”。他一边联合弗雷曼人对抗哈克南与帝国势力、为家族复仇，一边深陷权力、信仰与爱情的漩涡，最终在复仇与宇宙命运的两难抉择中，踏上成为帝国统治者的道路，却也预见了一场席卷全宇宙的毁灭圣战。