故事发生在《阿凡达》剧情落幕十余年后，杰克・萨利已将意识永久转移至纳美人体内，与妻子妮特丽组建家庭，育有多个子女并收养了绮莉与蜘蛛。人类因地球环境恶化再度入侵潘多拉，为保护家人与部落，杰克一家被迫离开森林家园，前往临海的岛礁族寻求庇护。他们融入擅长潜水、与海洋生物共生的岛礁族生活，却仍无法摆脱人类的追杀，最终为守护潘多拉的海洋与家园，萨利一家与岛礁族并肩作战，展开一场惊心动魄的生存与抗争之战。