故事设定在首部曲三年后，莫阿娜已成为莫图努伊部落首领，正引领族人重建航海传统。她在受封 “涛泰”（海洋连接者）的仪式上，被祖先祖灵召唤，得知远古圣岛莫图斐度遭诅咒沉没，导致大洋各族的联系断裂，若不解除诅咒，她的族人也将面临同样命运。
为了破除诅咒、重连四散的海洋族群，莫阿娜召集三位新船员 —— 作物专家卡莱、造船技师乐托、毛伊的迷弟画家莫尼，再度启航。半神毛伊随后归队，却也带来了新的变数：神秘的蝙蝠女将他掳走，其目的竟是引莫阿娜现身，共同对抗反派Matangi。
一行人穿越风暴与危险海域，循着彗星的轨迹寻找莫图斐度岛。旅途中，莫阿娜不仅要应对海上的自然威胁与 Matangi 的阻挠，还要在领袖责任与个人初心之间找到平衡，最终完成祖先托付的使命，让太平洋的各个部落重新团聚。
