作为《黑客帝国》系列终章，机器大军大举进攻人类最后的据点锡安，尼奥与崔妮蒂前往机器之城寻找终结战争的方法。尼奥在现实与矩阵中均遭遇强大对手史密斯，最终以牺牲自我为代价，帮助人类与机器世界达成平衡，拯救了锡安，为两个世界带来和平。