尼奥成为救世主后，机器大军准备围攻人类城市锡安。尼奥在先知指引下探寻矩阵真相，与崔妮蒂、墨菲斯联手突破重重关卡，对战数百个史密斯分身、幽灵双子及梅罗文加家族守卫。尼奥最终见到矩阵设计师，得知自己并非唯一的救世主，必须在拯救锡安与拯救崔妮蒂之间做出抉择。