卡勒姆・林奇在被执行死刑前被阿布斯泰戈基金会带走，通过虚拟现实机器 Animus 回溯至 15 世纪西班牙宗教法庭时期，体验其刺客先祖阿圭拉的记忆，寻找能控制自由意志的圣器 “伊甸园苹果”。在探寻过程中，他逐渐识破基金会背后圣殿骑士团的真实目的，最终选择继承刺客兄弟会的使命，反抗圣殿骑士团的阴谋。